Pri genografickom teste PATERNA vyšetríme 23 presne definovaných úsekov DNA chromozómu Y – tzv. Y-STR markerov – a stanovíme Y-DNA haplotyp.
Y-haplotyp sa prenáša z generácie na generáciu rovnako ako Y-chromozóm: výlučne z otca na syna, čiže „po meči“, sledujúc mužskú rodovú líniu sa tak dedí spolu s priezviskom. Haplotyp umožňuje určiť príslušnosť k jednej zo základných mužských rodových línií – k tzv. Y- haploskupine, čiže „Y-DNA klanu“.
Na Slovensku (a aj všeobecne v Európe) sa stretávame s približne desiatimi základnými Y-DNA haploskupinami, ktoré sa označujú veľkými písmenami, často v kombinácii s číslicami, alebo malými písmenami (napr. I1, R1a). Niektoré z nich sú veľmi zriedkavé, kým iné sú časté a členia sa na viaceré podskupiny.
Genetické vzťahy medzi jednotlivými haploskupinami a ich percentuálne zastúpenie v našej populácii znázorňuje „Evolučný strom Y-chromozómových haploskupín“. Veľkosť jednotlivých kruhov je úmerná percentuálnemu zastúpeniu príslušných haploskupín v našej populácii, spojnice medzi kruhmi ukazujú, ako boli jednotlivé haploskupiny v minulosti odvodené od spoločného koreňa.
Jednotlivé haploskupiny majú v rozličných oblastiach Európy (aj celého sveta) nerovnaké zastúpenie. Mnohé európske Y-DNA „klany“ vznikli ešte v staršej dobe kamennej (paleolite), teda pred vyše 10 000 rokmi a nachádzali sa v Európe už v tomto dávnom období. Iné sa dostali do Európy až počas tzv. neolitickej kolonizácie, teda po príchode prvých príslušníkov kultúry mladšej doby kamennej (neolitu) do Európy, ktorý začal pred približne 10 000 rokmi, prípadne až v období neolitu vznikli. Ďalšie haploskupiny sa dostali do Európy až v nasledujúcich tisícročiach a v DNA, získanej z kostrových pozostatkov z predchádzajúcich období ich nenájdeme.
V súčasnosti sa vďaka pokrokom v populačnej genetike identifikujú v rámci jednotlivých haploskupín aj podskupiny, prípadne ešte hlbšie línie. O mnohých z nich sa už zistilo, kedy a kde vznikli, ako a kedy sa ich príslušníci dostali do oblastí, v ktorých sa s nimi stretávame dnes. No nie vždy možno hlbšiu podskupinu spoľahlivo určiť pomocou stanovenia Y-DNA haplotypu.